Multiple roles of RNAs

Gwenaël Badis (1, 2, 3) , Cosmin Saveanu (1, 2, 3) , Claire Torchet (4, 5)

1 Génétique des Interactions macromoléculaires / Genetics of Macromolecular Interactions
2 IP - Institut Pasteur [Paris]
3 UMR 3525 - Génétique des génomes - Genetics of Genomes
4 IBPC (FR_550) - Institut de biologie physico-chimique
5 SU - Sorbonne Université

In this practical course, we propose to explore in detail the substrates and mechanisms of a major translation-dependent RNA degradation pathway, the Nonsense Mediated mRNA Decay (NMD). NMD degrades transcripts with premature stop codons through poorly understood mechanism that are conserved from yeast to humans. The lectures will be delivered by RNA specialists who will ficus on the multiple roles of RNA and specific technologies related to RNA studies. The aim of the practical course is to learn classical and innovative RNA-related techniques that include transcriptome analysis using RNA-seq, Northern blots and RT-qPCR. Student study different RNA populations that associate with the NMD machinery. We will compare transcripts from a wild-type and from mutants yeast strains in which essential NMD factor or cofactor genes have been deleted. Genome wide analysis of the resultswill integrate phenotypic data (changes in RNA abundance) to illustrate the diversity of NMD targets. see more at https://research.pasteur.fr/fr/course/multiple-roles-of-rnas-2/

Dans ce cours pratique, nous proposons d'explorer en détail les substrats et les mécanismes d'une voie majeure de dégradation de l'ARN dépendant de la traduction, le Nonsense Mediated mRNA Decay (NMD). Le NMD dégrade les transcrits contenant des codons stop prématurés par le biais de mécanismes mal compris qui sont conservés de la levure à l'homme. Les conférences seront données par des spécialistes de l'ARN qui parleront des multiples rôles de l'ARN et des technologies spécifiques liées à l'étude de l'ARN. L'objectif du cours pratique est d'apprendre les techniques classiques et innovantes liées à l'ARN qui comprennent l'analyse du transcriptome en utilisant le RNA-seq, les Northern blots et la RT-qPCR. Les étudiants étudient différentes populations d'ARN qui s'associent à la machinerie NMD. Nous comparerons les transcrits d'un type sauvage et de souches de levure mutantes dans lesquelles des gènes de facteurs ou de cofacteurs NMD essentiels ont été supprimés. L'analyse des résultats à l'échelle du génome intégrera des données phénotypiques (changements dans l'abondance de l'ARN) pour illustrer la diversité des cibles de la NMD. Pour en savoir plus : https://research.pasteur.fr/fr/course/multiple-roles-of-rnas-2/

Mots clés: RNA; transcriptome; RT-qPCR

Domaines: Sciences du Vivant [q-bio]

Gwenaël Badis, Cosmin Saveanu, Claire Torchet. Multiple roles of RNAs. Master. Multiples roles of RNAs, https://research.pasteur.fr/fr/course/multiple-roles-of-rnas-2/, France. 2023. ⟨hal-04048211v2⟩