De Novo Sequencing Of The Variable Region (FV) Of Circulating Antibodies: Aim Of Reassembly Software
Séquençage de novo de la région variable (FV) des anticorps circulants : objectif d’un logiciel de réassemblage
Résumé
Humoral immunity is key for the adaptative response to infections and their prevention by vaccination. Although antibodies are at the core of the humoral response, their diversity has been much less studied than that of antibody-producing B cells. But a discrepancy has recently been reported between the repertoire of antigen receptors carried by circulating B cells and that of serum antibodies these cells produce. By enabling the de novo sequencing of antibodies, bottom-up proteomics has many assets to fill this gap. The protein cleavages that define this method markedly increase sequencing coverage. However, this requires reconstructing a posteriori the sequences of the heavy and light chains of the immunoglobulins and re-matching them. The complexity of this procedure increases considerably when analyzing complex antibody mixtures, such as those contained in serum. Therefore, we are developing software to assess the maximum antibody sequencing rate achievable with the bottom-up approach.
L’immunité humorale est essentielle à la réponse adaptative aux infections et à leur prévention par la vaccination. La diversité des cellules productrices d’anticorps a été bien mieux étudiée que celle des anticorps proprement-dits, alors qu’ils constituent la pièce maitresse de la réponse humorale. Or, un décalage important a été récemment observé entre le répertoire des récepteurs antigéniques des lymphocytes B circulants et celui des anticorps du sérum. En permettant le séquençage de-novo d’anticorps, la protéomique en bottom-up présente de nombreux atouts pour combler cette lacune. Les clivages protéiques utilisés par cette méthode augmentent nettement la couverture de séquençage. Ceux-ci impliquent néanmoins de reconstruire a posteriori la séquence des chaines lourdes et légères des immunoglobulines et de les rapparier. Cette procédure devient rapidement complexe avec des mélanges d’anticorps, comme ceux issus du sérum. C’est pourquoi nous développons un logiciel pour évaluer le taux maximum de séquençage d’anticorps atteignable par l’approche bottom-up. Mots-Clés : Immunité humorale ; anticorps sériques ; spectrométrie de masse ; séquençage de novo ; reconstruction de séquences ; « One Health ».
Origine : Publication financée par une institution
licence : CC BY NC ND - Paternité - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
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