GOlorize: a Cytoscape plug-in for network visualization with Gene Ontology-based layout and coloring

Abstract : We have implemented a graph layout algorithm that exposes Gene Ontology (GO) class structure on the network nodes. It can be used in conjunction with BiNGO plug-in to Cytoscape, which finds the GO categories over-represented in a given network. Our plug-in, named GOlorize, first highlights the class members with category-specific color-coding and then constructs an enhanced visualization of the network using a class-directed layout algorithm. AVAILABILITY: http://www.cytoscape.org/plugins2.php. SUPPLEMENTARY INFORMATION: Installation instructions and tutorial at http://www.cytoscape.org/plugins/GOlorize/GOlorizeUserGuide.pdf.
Type de document :
Article dans une revue
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2007, 23 (3), pp.394 - 396. 〈10.1093/bioinformatics/btl605〉
Liste complète des métadonnées

Littérature citée [5 références]  Voir  Masquer  Télécharger

https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-01404708
Contributeur : Floran Bidault <>
Soumis le : mardi 29 novembre 2016 - 10:41:35
Dernière modification le : jeudi 11 janvier 2018 - 06:24:24
Document(s) archivé(s) le : mardi 21 mars 2017 - 04:34:09

Fichier

394.full.pdf
Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte

Licence


Distributed under a Creative Commons Paternité - Pas d'utilisation commerciale 4.0 International License

Identifiants

Collections

Citation

O. Garcia, Cosmin Saveanu, M. Cline, M. Fromont-Racine, A. Jacquier, et al.. GOlorize: a Cytoscape plug-in for network visualization with Gene Ontology-based layout and coloring. Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2007, 23 (3), pp.394 - 396. 〈10.1093/bioinformatics/btl605〉. 〈pasteur-01404708〉

Partager

Métriques

Consultations de la notice

118

Téléchargements de fichiers

231