Combined approach of time series and genomic analyses: example of the detection of an increase in the occurrence of Salmonella Goldcoast in the French poultry sector

Approche combinée d’analyses de séries temporelles et génomiques / exemple de la détection d’une augmentation de la présence de Salmonella Goldcoast en filière avicole

Marie-Léone Vignaud (1) , Véronique Noel (1) , Mathilde Saussac (1) , Maria Pardos de Gandara (2, 3) , Jean-Philippe Amat (1) , Frédérique Moury (1) , Vincent Leclerc (1) , Jean-Charles Leblanc (1) , Renaud Lailler (1) , Corinne Danan (1)

1 ANSES - Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail
2 BPE - Bactéries pathogènes entériques
3 CNR-ESS - Centre National de Référence - National Reference Center Escherichia coli, Shigella et Salmonella

Combined approach of time series and genomic analyses: example of the detection of an increase in the occurrence of Salmonella Goldcoast in the French poultry sector Salmonella, an ubiquitous bacteria, is the second-most frequent cause of bacterial food poisoning in France as well as in Europe. In this context, ANSES monitors the food chain via the Salmonella network, which has been centralizing serotyping results for non-human Salmonella for more than 20 years. A statistical tool for time series analysis has been developed for these data, enabling the early detection of unusual increases in specific serotypes at the national or regional level, or in a given sector. Coupling this statistical approach with the genomic analysis of strains makes it possible for these events to be characterized with a very high degree of precision. This article describes an example of this combined approach used for an unusual increase in Salmonella Goldcoast during the 2018-2019 period in France.

Les salmonelles, bactéries ubiquitaires, représentent la deuxième cause la plus fréquente de toxi-infections alimentaires bactériennes en France et en Europe. Dans ce contexte, l'Anses exerce une activité de surveillance de la chaîne alimentaire via le réseau Salmonella qui centralise, depuis plus de vingt ans, des résultats de sérotypage de salmonelles d'origine non humaine. Un outil statistique d'analyse de séries temporelles a été développé pour analyser ces données de surveillance. Il permet de détecter précocement des augmentations inhabituelles de la présence de certains sérovars aux niveau national, régional ou encore dans une filière spécifique, susceptible de présenter un risque pour le consommateur. Le couplage de cette approche statistique et de l'analyse génomique des souches permet de caractériser finement ces évènements inhabituels d'un point de vue épidémiologique. Cet article décrit un exemple de cette approche combinée déployée suite à l'augmentation inhabituelle de la détection de Salmonella Goldcoast au cours de la période 2018-2019 en France. Les analyses épidémiologiques et génomiques ont mis en évidence un cluster majoritaire lié à la filière avicole.

Mots clés: genomics; statistics; epidemiology; risk assessment; Salmonella

Mots clés: Salmonella; génomique; statistiques; épidémiologie; évaluation du risque sanitaire

Domaines: Médecine vétérinaire et santé animale; Bactériologie; Maladies infectieuses; Santé publique et épidémiologie

Marie-Léone Vignaud, Véronique Noel, Mathilde Saussac, Maria Pardos de Gandara, Jean-Philippe Amat, et al.. Approche combinée d’analyses de séries temporelles et génomiques / exemple de la détection d’une augmentation de la présence de Salmonella Goldcoast en filière avicole. Bulletin épidémiologique, 2021, 92, pp.7. ⟨pasteur-03694238⟩