Faune sauvage et SARS-CoV-2 : exposition des animaux de zoo pendant la circulation du virus en France en 2020.
Résumé
Contexte : Le virus SARS-CoV-2 responsable de la pandémie de COVID-19 a causé à ce jour plus de 88 millions d’infections et 1,9 millions de décès. Comme pour les autres coronavirus, l’infection chez l’homme provient probablement d’une transgression de barrière d’espèce depuis un réservoir animal, vraisemblablement une chauve-souris, peut-être via un hôte intermédiaire. Au fur et à mesure de la diffusion du virus dans le monde, des infections anthropozoonotiques occasionnelles d'animaux ont été signalées, chez des animaux domestiques (chats, chiens) et d’élevage (visons) puis dans la faune sauvage captive des zoos (gorilles, tigres, lions, puma, panthère des neige) via des contacts étroits avec des humains a- ou pauci-symptomatiques. Des infections expérimentales et modélisations bio-informatiques ont également démontré ou suggéré la sensibilité d’autres espèces à l’infection par SARS-CoV-2, notamment des primates non-humains. L’objectif du travail était d’identifier des cas d’infection à SARS-CoV-2 chez des animaux sauvages en captivité.
Méthodes : D’avril à novembre 2020, des prélèvements sanguins et des écouvillons nasaux-pharyngés et rectaux ont été effectués sur 177 animaux sauvages provenant de zoos et d’élevages français, dont des chiroptères, des félins et des primates. Le critère principal d’inclusion était la confirmation d’au moins un cas de SARS-CoV-2 dans le personnel animalier des établissements. La recherche du génome de SARS-CoV-2 a été effectuée par une RT-PCR en temps réel en duplex ciblant le gène de la polymérase selon la méthode développée par le CNR des virus respiratoires ; et le séquençage des génomes complets a été réalisé avec le séquenceur MinION selon le protocole ARTIC. Le statut sérologique des animaux a été évalué par la technique de LIPS (Luciférase Immuno-Precipitation System) ciblant les domaines S1, S2, S, et RBD de la protéine de spicule, et le domaine C-terminal de la nucléoprotéine N.
Résultats : Le génome de SARS-CoV-2 a été détecté dans 3 écouvillons nasaux-pharyngés provenant de 2 lions vivant dans le même enclos au sein du zoo A. Ces animaux étaient asymptomatiques avant et après le prélèvement. Le séquençage complet de ces virus a révélé que ces souches appartenaient au lignage B.1.202, qui a circulé de mars à mai 2020 principalement en Australie et aux USA. Sur 145 sérums analysés (comprenant des Canidae, des chiroptères, des félins, des Herpestidae, des Mustelidae, des Périssodactyles, des primates et prosimiens, et un Ursidae), la séroconversion de 3 tigres et de 3 lions provenant du site B a été détectée entre avril et octobre 2020. Ces félidés n’ont jamais présenté de signe clinique. En revanche, un babouin du zoo C a également été testé transitoirement séropositif, mais négatif en séroneutralisation. Lors de son anesthésie 3 mois après, l’animal présentait des images radiographiques compatibles avec une pneumopathie mais un résultat sérologique devenu négatif et une absence de détection antigénique ou PCR sur les prélèvements bronchiques effectués.
Conclusion : L’infection d’animaux sauvages par un SARS-CoV-2 d’origine humaine est peu fréquente mais possible ; le maintien constant de précautions sanitaires est donc indispensable afin de protéger ces espèces à haute valeur de conservation.
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)