A community resource for paired genomic and metabolomic data mining - Institut Pasteur Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Nature Chemical Biology Année : 2021

A community resource for paired genomic and metabolomic data mining

Michelle A. Schorn (1) , Stefan Verhoeven (2) , Lars Ridder (2) , Florian Huber (2) , Deepa D. Acharya (3) , Alexander A. Aksenov (4) , Gajender Aleti (4) , Jamshid Amiri Moghaddam (5) , Allegra T. Aron (4) , Saefuddin Aziz (6, 7) , Anelize Bauermeister (4, 8) , Katherine D. Bauman (4) , Martin Baunach (9) , Christine Beemelmanns (5) , J. Michael Beman (10) , María Victoria Berlanga-Clavero (11) , Alex A. Blacutt (12) , Helge B. Bode (13, 14, 15) , Anne Boullie (16) , Asker Brejnrod (4) , Tim S. Bugni (3) , Alexandra Calteau (17) , Liu Cao (18) , Víctor J. Carrión (19, 20) , Raquel Castelo-Branco (21, 22) , Shaurya Chanana (3) , Alexander B. Chase (4) , Marc G. Chevrette (3) , Leticia V. Costa-Lotufo (8) , Jason M. Crawford (23, 24) , Cameron R. Currie (3) , Bart Cuypers (25, 26) , Tam Dang (27) , Tristan de Rond (4) , Alyssa M. Demko (4) , Elke Dittmann (9) , Chao Du (19) , Christopher Drozd (12) , Jean-Claude Dujardin (26) , Rachel J. Dutton (4) , Anna Edlund (28, 4) , David P. Fewer (22) , Kyo Bin Kang , Chung Sub Kim , Ki Hyun Kim , Seoung Rak Lee , Johannes Sørensen , Neha Garg , Julia M Gauglitz , Emily C Gentry , Lena Gerwick , Evgenia Glukhov , Harald Gross , Muriel Gugger (16) , Dulce G Guillén Matus , Eric J N Helfrich , Benjamin-Florian Hempel , Jae-Seoun Hur , Marianna Iorio , Paul R Jensen , Kyo Bin Kang , Leonard Kaysser , Neil L Kelleher , Chung Sub Kim , Ki Hyun Kim , Irina Koester , Gabriele M König , Tiago Leao , Seoung Rak Lee , Yi-Yuan Lee , Xuanji Li , Jessica C Little , Katherine N Maloney , Daniel Männle , Christian Martin H. , Andrew C Mcavoy , Willam W Metcalf , Hosein Mohimani , Carlos Molina-Santiago , Bradley S Moore , Michael W Mullowney , Mitchell Muskat , Louis-Félix Nothias , Ellis O’neill , Elizabeth Parkinson , Daniel Petras , Jörn Piel , Emily Pierce , Karine Pires , Raphael Reher , Diego Romero , M. Caroline Caroline Roper , Michael Rust , Hamada Saad , Carmen Saenz , Laura M Sanchez , Christian Martin (29) , Søren Johannes Sørensen , Margherita Sosio , Roderich D Süssmuth , Douglas Sweeney , Kapil Tahlan , Regan J Thomson , Nicholas J Tobias , Amaro E Trindade-Silva , Gilles P van Wezel , Mingxun Wang , Kelly C Weldon , Fan Zhang , Nadine Ziemert , Katherine R Duncan , Max Crüsemann , Simon Rogers , Pieter C Dorrestein (4) , Marnix H Medema (1) , Justin J J van Der Hooft (1)
1 WUR - Wageningen University and Research [Wageningen]
2 Netherlands eScience Center
3 University of Wisconsin-Madison
4 UC San Diego - University of California [San Diego]
5 Leibniz Institute for Natural Product Research and Infection Biology (Hans Knoell Institute)
6 Eberhard Karls Universität Tübingen = Eberhard Karls University of Tuebingen
7 Jenderal Soedirman University [Purwokerto, Indonesia]
8 USP - Universidade de São Paulo = University of São Paulo
9 University of Potsdam = Universität Potsdam
10 UC Merced - University of California [Merced]
11 Universidad de Málaga [Málaga] = University of Málaga [Málaga]
12 UC Riverside - University of California [Riverside]
13 Goethe-University Frankfurt am Main
14 Senckenberg – Leibniz Institution for Biodiversity and Earth System Research - Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung
15 Max Planck Institute for Terrestrial Microbiology
16 Collection des Cyanobactéries
17 LABGeM - Analyse Bio-Informatique pour la Génomique et le Métabolisme
18 CMU - Carnegie Mellon University [Pittsburgh]
19 Universiteit Leiden = Leiden University
20 NIOO-KNAW - Netherlands Institute of Ecology
21 Universidade do Porto = University of Porto
22 Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki
23 Yale University [New Haven]
24 YSM - Yale School of Medicine [New Haven, Connecticut]
25 UA - University of Antwerp
26 ITM - Institute of Tropical Medicine [Antwerp]
27 TU - Technical University of Berlin / Technische Universität Berlin
28 JCVI - J. Craig Venter Institute [La Jolla, USA]
29 Instituto de Investigaciones Científicas y Servicios de Alta Tecnología [Panama]
Kyo Bin Kang
  • Fonction : Auteur
Chung Sub Kim
  • Fonction : Auteur
Ki Hyun Kim
  • Fonction : Auteur
Seoung Rak Lee
  • Fonction : Auteur
Johannes Sørensen
  • Fonction : Auteur
Neha Garg
  • Fonction : Auteur
Julia M Gauglitz
  • Fonction : Auteur
Emily C Gentry
  • Fonction : Auteur
Lena Gerwick
  • Fonction : Auteur
Evgenia Glukhov
  • Fonction : Auteur
Harald Gross
Dulce G Guillén Matus
  • Fonction : Auteur
Eric J N Helfrich
  • Fonction : Auteur
Benjamin-Florian Hempel
  • Fonction : Auteur
Jae-Seoun Hur
  • Fonction : Auteur
Marianna Iorio
  • Fonction : Auteur
Paul R Jensen
  • Fonction : Auteur
Kyo Bin Kang
  • Fonction : Auteur
Leonard Kaysser
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Neil L Kelleher
  • Fonction : Auteur
Chung Sub Kim
  • Fonction : Auteur
Ki Hyun Kim
  • Fonction : Auteur
Irina Koester
  • Fonction : Auteur
Gabriele M König
  • Fonction : Auteur
Tiago Leao
  • Fonction : Auteur
Seoung Rak Lee
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Yi-Yuan Lee
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Xuanji Li
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Jessica C Little
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Katherine N Maloney
  • Fonction : Auteur
Daniel Männle
  • Fonction : Auteur
Christian Martin H.
  • Fonction : Auteur
Andrew C Mcavoy
  • Fonction : Auteur
Willam W Metcalf
  • Fonction : Auteur
Hosein Mohimani
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Carlos Molina-Santiago
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Bradley S Moore
  • Fonction : Auteur
Michael W Mullowney
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Mitchell Muskat
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Louis-Félix Nothias
  • Fonction : Auteur
Ellis O’neill
  • Fonction : Auteur
Elizabeth Parkinson
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Daniel Petras
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Jörn Piel
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Emily Pierce
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Karine Pires
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Raphael Reher
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Diego Romero
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M. Caroline Caroline Roper
  • Fonction : Auteur
Michael Rust
Hamada Saad
  • Fonction : Auteur
Carmen Saenz
  • Fonction : Auteur
Laura M Sanchez
  • Fonction : Auteur
Søren Johannes Sørensen
  • Fonction : Auteur
Margherita Sosio
  • Fonction : Auteur
Roderich D Süssmuth
  • Fonction : Auteur
Douglas Sweeney
  • Fonction : Auteur
Kapil Tahlan
  • Fonction : Auteur
Regan J Thomson
  • Fonction : Auteur
Nicholas J Tobias
  • Fonction : Auteur
Amaro E Trindade-Silva
  • Fonction : Auteur
Gilles P van Wezel
  • Fonction : Auteur
Mingxun Wang
  • Fonction : Auteur
Kelly C Weldon
  • Fonction : Auteur
Fan Zhang
Nadine Ziemert
  • Fonction : Auteur
Katherine R Duncan
  • Fonction : Auteur
Max Crüsemann
  • Fonction : Auteur
Simon Rogers
  • Fonction : Auteur

Résumé

Genomics and metabolomics are widely used to explore specialized metabolite diversity. The Paired Omics Data Platform is a community initiative to systematically document links between metabolome and (meta)genome data, aiding identification of natural product biosynthetic origins and metabolite structures.
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Origine : Publication financée par une institution

Dates et versions

pasteur-03153704 , version 1 (26-02-2021)

Licence

Paternité

Identifiants

Citer

Michelle A. Schorn, Stefan Verhoeven, Lars Ridder, Florian Huber, Deepa D. Acharya, et al.. A community resource for paired genomic and metabolomic data mining. Nature Chemical Biology, 2021, ⟨10.1038/s41589-020-00724-z⟩. ⟨pasteur-03153704⟩
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