P. Uetz, S. V. Rajagopala, Y. A. Dong, and J. Haas, Genome Res, vol.14, pp.2029-2033, 2004.

K. Venkatesan, J. F. Rual, A. Vazquez, U. Stelzl, I. Lemmens et al.,

C. Murray, M. Lin, J. Lalowski, K. Timm, C. Rau et al., Nat. Methods, vol.6, pp.83-90, 2009.

P. O. Vidalain and F. Tangy, Microbes Infect, vol.12, pp.1134-1143, 2010.

P. Cassonnet, C. Rolloy, G. Neveu, P. O. Vidalain, T. Chantier et al., Nat. Methods, vol.8, pp.990-992, 2011.

V. Navratil, B. De-chassey, L. Meyniel, S. Delmotte, C. Gautier et al., Nucleic Acids Res, vol.37, pp.661-668, 2009.

A. , A. Ceol, D. Peluso, A. Nardozza, S. Panni et al., Nucleic Acids Res, vol.37, pp.669-673, 2009.

T. Driscoll, M. D. Dyer, T. M. Murali, and B. W. Sobral, Nucleic Acids Res, vol.37, pp.647-650, 2009.

L. Kiemer and G. Cesareni, Trends Biotechnol, vol.25, pp.448-454, 2007.

H. Yu, N. M. Luscombe, H. X. Lu, X. Zhu, Y. Xia et al., Genome Res, vol.14, pp.1107-1118, 2004.

H. U. Bernard, R. D. Burk, Z. Chen, K. Van-doorslaer, H. Hausen et al., Virology, vol.401, pp.70-79, 2010.

X. Liu, A. Clements, K. Zhao, and R. Marmorstein, J. Biol. Chem, vol.281, pp.578-586, 2006.

Y. Nomine, M. Masson, S. Charbonnier, K. Zanier, T. Ristriani et al., Mol. Cell, vol.21, pp.665-678, 2006.

O. Ohlenschlager, T. Seiboth, H. Zengerling, L. Briese, A. Marchanka et al., Oncogene, vol.25, pp.5953-5959, 2006.

J. M. Huibregtse, M. Scheffner, and P. M. Howley, Mol. Cell Biol, vol.13, pp.4918-4927, 1993.

J. M. Huibregtse, M. Scheffner, and P. M. Howley, Mol. Cell Biol, vol.13, pp.775-784, 1993.

M. Scheffner, J. M. Huibregtse, R. D. Vierstra, and P. M. Howley, Cell, vol.75, pp.495-505, 1993.

K. Munger, B. A. Werness, N. Dyson, W. C. Phelps, E. Harlow et al., EMBO J, vol.8, pp.4099-4105, 1989.

N. Ganguly and S. P. Parihar, J. Biosci, vol.34, pp.113-123, 2009.

H. L. Howie, R. A. Katzenellenbogen, and D. A. Galloway, Virology, vol.384, pp.324-334, 2009.

F. Mantovani and L. Banks, Oncogene, vol.20, pp.7874-7887, 2001.

M. E. Mclaughlin-drubin and K. Munger, Virology, vol.384, pp.335-344, 2009.

K. Munger, J. R. Basile, S. Duensing, A. Eichten, S. L. Gonzalez et al., Oncogene, vol.20, pp.7888-7898, 2001.

K. M. Bedard, M. P. Underbrink, H. L. Howie, and D. A. Galloway, J. Virol, vol.82, pp.3894-3902, 2008.

J. J. Chen, Y. Hong, E. Rustamzadeh, J. D. Baleja, and E. J. Androphy, J. Biol. Chem, vol.273, pp.13537-13544, 1998.

J. Pellet, L. Tafforeau, M. Lucas-hourani, V. Navratil, L. Meyniel et al., Nucleic Acids Res, vol.38, pp.371-378, 2010.

I. Remy and S. W. Michnick, Nat. Methods, vol.3, pp.977-979, 2006.

W. Huang-da, B. T. Sherman, Q. Tan, J. Kir, D. Liu et al., Nucleic Acids Res, vol.35, pp.169-175, 2007.

, R Development Core Team, In: Computing RFfS, 2008.

J. Felsenstein, Cladistics, vol.5, pp.164-166, 1989.

S. Dray and A. B. Dufour, J. Stat. Software, vol.22, pp.1-20, 2007.

T. Ito, T. Chiba, R. Ozawa, M. Yoshida, M. Hattori et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, vol.98, pp.4569-4574, 2001.

J. F. Rual, K. Venkatesan, T. Hao, T. Hirozane-kishikawa, A. Dricot et al., Nature, vol.437, pp.1173-1178, 2005.

P. Braun, M. Tasan, M. Dreze, M. Barrios-rodiles, I. Lemmens et al., Nat. Methods, vol.6, pp.91-97, 2009.

M. Barrios-rodiles, K. R. Brown, B. Ozdamar, R. Bose, Z. Liu et al., Science, vol.307, pp.1621-1625, 2005.

D. Kemmer, Y. Huang, S. P. Shah, J. Lim, J. Brumm et al., Genome Biol, vol.6, p.106, 2005.

W. Kittichotirat, M. Guerquin, R. E. Bumgarner, and R. Samudrala, Nucleic Acids Res, vol.37, pp.519-525, 2009.