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Journal articles
Population genomics of apricots unravels domestication history and adaptive events
Alexis Groppi
1
Shuo Liu
2
A. Cornille
3
David Tricon
2
Quynh Trang Bui
2
Corinne Cruaud
4
Sandrine Arribat
5
Caroline Belser
4
William Marande
5
Jérôme Salse
6
Cécile Huneau
6
Nathalie Rodde
5
Wassim Rhalloussi
5
Stéphane Cauet
5
Benjamin Istace
4
Erwan Denis
4
Sébastien Carrère
7
Jean-Marc Audergon
8
Guillaume Roch
8
Patrick Lambert
8
Tetyana Zhebentyayeva
9
Wei-Sheng Liu
10
Olivier Bouchez
11
Céline Lopez-Roques
11
Rémy-Félix Serre
11
Robert Debuchy
12
Joseph Tran
13
Patrick Wincker
4
Xilong Chen
3
Pierre Pétriacq
2
Aurélien Barré
1
Macha Nikolski
1
Jean-Marc Aury
4
Albert Abbott
14
Tatiana Giraud
15, *
Véronique Decroocq
2, *
*
Corresponding author
11
GeT-PlaGe - Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique
GET - Plateforme Génome & Transcriptome, INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement : US 1426
Alexis Groppi 1
Author
Shuo Liu 2
Author
A. Cornille 3
Author IdHAL : amandine-cornille ORCID : https://orcid.org/0000-0002-5348-7081
David Tricon 2
Author
William Marande 5
Author
Jérôme Salse 6
Author
Cécile Huneau 6
Author IdHAL : cecile-huneau
Nathalie Rodde 5
Author
Sébastien Carrère 7
Author
Jean-Marc Audergon 8
Author
Guillaume Roch 8
Author
Patrick Lambert 8
Author
Tetyana Zhebentyayeva 9
Author
Wei-Sheng Liu 10
Author
Olivier Bouchez 11
Author
Céline Lopez-Roques 11
Author
Rémy-Félix Serre 11
Author
Robert Debuchy 12
Author
Joseph Tran 13
Author Employer institution : Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement IdHAL : joseph-tran ORCID : https://orcid.org/0000-0002-4624-0363
Patrick Wincker 4
Author
Xilong Chen 3
Author
Pierre Pétriacq 2
Author Employer institution : Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement IdHAL : pierre-petriacq ORCID : https://orcid.org/0000-0001-8151-7420
Aurélien Barré 1
Author IdHAL : aurelien-barre
Macha Nikolski 1
Author IdHAL : macha-nikolski
Jean-Marc Aury 4
Author
Albert Glenn Abbott 14
Author
Tatiana E Giraud 15
Correspondent author IdHAL : tatiana-giraud ORCID : https://orcid.org/0000-0002-2685-6478
Véronique Decroocq 2
Correspondent author Employer institution : Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement IdHAL : veronique-decroocq ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/C-9980-2019 ORCID : https://orcid.org/0000-0001-6745-6350
1
CBIB - Centre de Bioinformatique de Bordeaux (146, rue Léo Saignat, 33076 Bordeaux - France)
- CGFB (France)
2
BFP - Biologie du fruit et pathologie (Centre INRAE Bordeaux-Aquitaine 71 avenue Bourlaux BP81 F-33883 Villenave d'Ornon - France)
- INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement : UMR1332 (France)
- UB - Université de Bordeaux (35, place Pey Berland - 33076 Bordeaux - France)
3
GQE-Le Moulon - Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (UMR de Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon, Ferme du Moulon F-91190 GIF SUR YVETTE - France)
- AgroParisTech (16 rue Claude Bernard F-75231 Paris Cedex 05 - France)
- Université Paris-Saclay (Bâtiment Bréguet, 3 Rue Joliot Curie 2e ét, 91190 Gif-sur-Yvette - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8120 (France)
- INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement : UMR0320 (France)
4
GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (2, rue Gaston Crémieux CP5706 91057 EVRY Cedex - France)
- Université Paris-Saclay (Bâtiment Bréguet, 3 Rue Joliot Curie 2e ét, 91190 Gif-sur-Yvette - France)
- DRF (CEA) - Direction de Recherche Fondamentale (CEA) : DRF/JACOB (Direction de Recherche Fondamentale
Fundamental Research Division
CEA Saclay
91191 Gif-sur-Yvette
- France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
6
GDEC - Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (Site INRAE Crouël : 5, Chemin de Beaulieu, 63039 Clermont-Ferrand // Site Clermont : Campus Universitaire des Cézeaux, TSA 60026, 1 Impasse Amélie Murat, 63178 Aubière - France)
- INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement : UMR1095 (France)
- UCA - Université Clermont Auvergne : UMR1095 (49, bd François-Mitterrand / CS 60032 / 63001 Clermont-Ferrand Cedex 1 - France)
7
LIPME - Laboratoire des Interactions Plantes Microbes Environnement (Chemin de Borde-Rouge - BP 27 31326 CASTANET TOLOSAN CEDEX - Changement de libellé et de sigle le 1er janvier 2021 - Ancien libellé : Laboratoire des interactions plantes micro-organismes - Ancien sigle : LIPM - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR2594 (France)
- INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement : UMR0441 (France)
8
GAFL - Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (INRAE Domaine Saint-Maurice 67 allée des chênes CS60094 84143 MONTFAVET CEDEX - France)
9
Penn State - Pennsylvania State University (201 Old Main, University Park, Pennsylvania 16802 - United States)
- Penn State System (Pennsylvania, PA, USA, Etats-Unis - United States)
10
Liaoning Institute of Pomology (Tiedong Street, Xiongyue, Bayuquan District, Yingkou City, 115009, Liaoning - China)
11
GeT-PlaGe - Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (Campus INRA
24 chemin de borde rouge - Auzeville
CS 52627
31326 CASTANET-TOLOSAN Cedex - France)
- GET - Plateforme Génome & Transcriptome (Bio5 - INSA 135 Avenue de Rangueil 31077 Toulouse Cedex 04 - France)
- GENOTOUL - Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (Chemin de Borde-Rouge Auzeville - France)
- INSA Toulouse - Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (135, avenue de Rangueil - 31077 Toulouse cedex 4 - France)
- UT3 - Université Toulouse III - Paul Sabatier (118 route de Narbonne - 31062 Toulouse - France)
- Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées (41 Allée Jules Guesde, 31000 Toulouse - France)
- ENVT - Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (23 chemin des Capelles
31076 Toulouse
Cedex - France)
- Toulouse INP - Institut National Polytechnique (Toulouse) (France)
- Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées (41 Allée Jules Guesde, 31000 Toulouse - France)
- Toulouse INP - Institut National Polytechnique (Toulouse) (France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
- Toulouse INP - Institut National Polytechnique (Toulouse) (France)
- Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées (41 Allée Jules Guesde, 31000 Toulouse - France)
- INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (France)
- GENOTOUL - Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (Chemin de Borde-Rouge Auzeville - France)
- INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement : US 1426 (France)
12
I2BC - Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (Bâtiment 21, 1 avenue de la Terrasse, 91198 Gif/Yvette cedex - France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives : DRF/I2BC (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
- Université Paris-Saclay (Bâtiment Bréguet, 3 Rue Joliot Curie 2e ét, 91190 Gif-sur-Yvette - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR 9198 (France)
13
UMR EGFV - Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne (I.S.V.V Bordeaux, 210 Chemin de Leysotte 33882 Villenave d’Ornon cedex, France - France)
- UB - Université de Bordeaux (35, place Pey Berland - 33076 Bordeaux - France)
- Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV) (France)
- Bordeaux Sciences Agro - Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (1 cours du Gal De Gaulle - CS 40201 - 33175 Gradignan Cedex - France)
- INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement : UMR1287 (France)
14
University of Kentucky (Lexington, KY 40506-0046, USA - United States)
15
ESE - Ecologie Systématique et Evolution (bat. 362 91405 ORSAY CEDEX - France)
- AgroParisTech (16 rue Claude Bernard F-75231 Paris Cedex 05 - France)
- Université Paris-Saclay (Bâtiment Bréguet, 3 Rue Joliot Curie 2e ét, 91190 Gif-sur-Yvette - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8079 (France)
Abstract : Among crop fruit trees, the apricot (Prunus armeniaca) provides an excellent model to study divergence and adaptation processes. Here, we obtain nearly 600 Armeniaca apricot genomes and four high-quality assemblies anchored on genetic maps. Chinese and European apricots form two differentiated gene pools with high genetic diversity, resulting from independent domestication events from distinct wild Central Asian populations, and with subsequent gene flow. A relatively low proportion of the genome is affected by selection. Different genomic regions show footprints of selection in European and Chinese cultivated apricots, despite convergent phenotypic traits, with predicted functions in both groups involved in the perennial life cycle, fruit quality and disease resistance. Selection footprints appear more abundant in European apricots, with a hotspot on chromosome 4, while admixture is more pervasive in Chinese cultivated apricots. Our study provides clues to the biology of selected traits and targets for fruit tree research and breeding.
Document type :
Journal articles
Complete list of metadata
https://hal.inrae.fr/hal-03282504
Contributor : Muriel Gauthier Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Friday, July 9, 2021 - 11:26:14 AM
Last modification on : Tuesday, January 25, 2022 - 3:31:27 AM
Contributor : Muriel Gauthier Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Friday, July 9, 2021 - 11:26:14 AM
Last modification on : Tuesday, January 25, 2022 - 3:31:27 AM
File
2021-Groppi-Nature_Communicati...
Publisher files allowed on an open archive
Licence
Distributed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License
Identifiers
- HAL Id : hal-03282504, version 1
- DOI : 10.1038/s41467-021-24283-6
- PUBMED : 34172741
- WOS : 000687320200029
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Citation
Alexis Groppi, Shuo Liu, A. Cornille, David Tricon, Quynh Trang Bui, et al.. Population genomics of apricots unravels domestication history and adaptive events. Nature Communications, Nature Publishing Group, 2021, 12 (1), pp.3956. ⟨10.1038/s41467-021-24283-6⟩. ⟨hal-03282504⟩
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